t 甲基化DNA免疫共沉淀測序
MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing），即甲基化DNA 免疫共沉淀測序。先用5'-甲基胞嘧啶抗體富集胞嘧啶甲基化的基因組片斷，然后對富集的片段進(jìn)行高通量測序。該方法檢測范圍覆蓋全基因組，所需測序數(shù)據(jù)量較少，但不能在單堿基分辨率水平上檢測DNA胞嘧啶甲基化狀態(tài)。
MeDIP-Seq實驗路線
MeDIP-Seq技術(shù)路線
MeDIP-Seq樣品要求（基因組DNA）
2 樣品純度：OD 260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間；RNA 應(yīng)去除干凈。
2 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/ul。
2 樣品總量：每個樣品總量不少于10ug。
2 樣品溶劑：溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
2 樣品運輸：DNA低溫運輸（-20℃）；且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。
MeDIP-Seq數(shù)據(jù)分析展示
圖 差異甲基化區(qū)段分染色體注釋。紅色代表高甲基化，藍(lán)色代表低甲基化。適合樣本較少，用于整體展示差異甲基化區(qū)段在染色體上的分布。
圖 甲基化區(qū)域全基因組展示。最外面一圈代表染色體編號，由外向里逐層代表不同樣本，用于展示樣本的全基因組甲基化狀態(tài)。
圖 甲基化與表達(dá)譜關(guān)聯(lián)分析。把有差異的基因分別在縱坐標(biāo)上顯示表達(dá)的差異，在橫坐標(biāo)上顯示甲基化的差異。適合在整體上展示甲基化與表達(dá)的負(fù)相關(guān)性。
圖 基因甲基化狀態(tài)與表達(dá)相關(guān)性分析。把相同的基因排在同一行上，熱圖展示各個基因的甲基化修飾與表達(dá)的水平及相關(guān)性。適用于對關(guān)鍵基因的展示。
圖 用于展示甲基化與表達(dá)的相互作用及調(diào)控的相關(guān)性。其中高表達(dá)的基因為紅色，低表達(dá)基因為綠色；高甲基化基因為正三角形，低甲基化基因為倒三角形。
圖 甲基化程度在同不基因結(jié)構(gòu)的均一化分布圖。縱坐標(biāo)代表甲基化程度，橫坐標(biāo)代表基因的不同位置。
